Η χερσόνησος της Αττικής κατά την προκλασική και κλασική περίοδο είχε παραλία 24 μιλίων, ενώ το εμβαδόν της δεν ξεπερνούσε τα 47 τ. χλμ. Η ακτή της Αττικής σχημάτιζε ευλίμενους χώρους, προστατευμένους από νησιά που εκτείνονταν κατά μήκος των παραλίων της. Στα δυτικά διαγραφόταν ο κόλπος της Ελευσίνας, στο στενό της Σαλαμίνας βρισκόταν το ανοικτό λιμάνι του Κερατσινίου (λιμήν Ηρακλέους) και ο όρμος των Φώρων (Δραπετσώνα – Κερατσίνι) και προς τα ανατολικά το κεντρικό λιμάνι του Πειραιά και τα λιμάνια της Ζέας και της Μουνιχίας, ο κόλπος του Φαλήρου, οι όρμοι της Αξωνίας, του Σουνίου, του Λαυρίου και του Θορικού.
Τα μειονεκτήματα που παρουσιάζουν σήμερα ορισμένες περιοχές της Αττικής, όπως οι απότομες πλαγιές λόφων και η ύπαρξη αβαθών αμμώδων θέσεων στη θάλασσα, κατά την αρχαιότητα αποτελούσαν σημαντικά πλεονεκτήματα γιατί αφενός προστάτευαν την πόλη ενισχύοντας την άμυνά της, αφετέρου διευκόλυναν την ανέλκυση των πλοίων στην παραλία. Το δεδομένο αυτό ευνόησε την περιοχή ώστε να δεχθεί τους πρώτους θαλασσοπόρους, ενώ επέτρεψε τον σχηματισμό των πρώτων πόλεων στις ακτές της.
Οι βραχώδεις απότομες ακτές και το δύσβατο της περιοχής του Αλιπέδου ήταν η αιτία για την οποία κατά την προκλασική περίοδο δεν χρησιμοποιήθηκε ο Πειραιάς ως λιμάνι. Το υψηλό κόστος των τεχνικών έργων που ήταν απαραίτητα για την εξασφάλιση της άνετης επικοινωνίας της χερσονήσου με το άστυ της Αθήνας, έστρεψε την προσοχή των αρχόντων στη χρησιμοποίηση άλλων παραλιακών περιοχών, όπως το Κερατσίνι, το Φάληρο και το Πόρτο Ράφτη.
Στην είσοδο του πορθμού της Σαλαμίνας και απέναντι από το ακρωτήριο Κυνόσουρα, βόρεια από το Κεντρικό λιμάνι του Πειραιά, βρίσκεται ο μεγαλύτερος από τους όρμους, το Κερατσίνι, το οποίο χρησιμοποιήθηκε ως λιμάνι πολύ πριν από την ίδρυση του Πειραιά. Εκεί, γύρω από το μικρό λόφο όπου βρίσκεται σήμερα ο Αγιος Γεώργιος, υπήρχε μάλιστα και οικισμός, ο καλούμενος δήμος Θυμαιτάδων (ή Θυμοιτάδων).
Οι απόψεις των ερευνητών συγκλίνουν πλέον ως προς τον προσδιορισμό της ακριβούς θέσης της αρχαίας κώμης των Θυμαιτάδων, την οποία ταυτίζουν με το σημερινό Κερατσίνι. Η πρώτη μαρτυρία προέρχεται από τον Πλούταρχο, ο οποίος στην αφήγησή του για το Θησέα ανατρέχει στον αττικογράφο Κλειτόδημο. Όταν ο νεαρός ήρωας αποφάσισε να αναλάβει εκστρατεία εναντίον του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα, στον οποίο το αθηναϊκό βασίλειο ήταν φόρου υποτελές, έκρινε ότι χρειαζόταν ισχυρό στόλο. Η προετοιμασία και η ναυπήγησή του έπρεπε να γίνει με μεγάλη μυστικότητα ώστε ο Θησέας να έχει το στοιχείο του αιφνιδιασμού έναντι του αντιπάλου του.
Ο Πλούταρχος μας πληροφορεί ότι ο Θησέας, θέλοντας να γίνουν όλα κρυφά, διέταξε να ναυπηγηθεί ο μισός στόλος επί τόπου, στην κώμη των Θυμαιτάδων που βρισκόταν «μακράν της ξενικής οδού», και ο υπόλοιπος στην Τροιζήνα. Έτσι, ο πιο κοντινός και παράλληλα απόμερος όρμος των Θυμαιτάδων φιλοξένησε τους ναυπηγούς του Θησέα χάρη στην ομαλή παραλία του. Ο ιστορικός Δημήτριος Σουρμελής έχει διατυπώσει το βάσιμο συμπέρασμα ότι η «ξενική οδός», δηλαδή ο δημόσιος δρόμος, ήταν εκείνη που ένωνε την Αθήνα με τον Πειραιά. Ο Ιωάννης Ραγκαβής, λαμβάνοντας υπόψη όσα γράφει ο Πλούταρχος, πιστεύει ότι οι Θυμαιτάδες βρίσκονταν γύρω από τον όρμο των Φώρων, εννοώντας το Κερατσίνι. Και άλλοι όμως ιστορικοί, όπως ο Πανταζής, ο Η. Αγγελόπουλος, ο Ι. Δραγάτσης, ο Χιωτέλης, ο Χαλιορής, ο Chandler , o Leake και ο Hanriot , υποστηρίζουν ότι το λιμάνι των Φώρων είναι ο όρμος του Κερατσινίου.
Η υπόθεση ότι ο Θησέας ναυπήγησε εκεί το στόλο του θεωρείται πιθανή και για το πρόσθετο λόγο ότι, εφόσον έπρεπε να δράσει με κάθε μυστικότητα, ήταν λογικό να επιλέξει μια περιοχή ακατοίκητη. Σύμφωνα με την πιο πιθανή εκδοχή για την ίδρυση και την ονομασία της κώμης των Θυμαιτάδων, ο τόπος κατοικήθηκε μόνιμα για πρώτη φορά από το Θυμοίτη ή Θυμαίτη, ο οποίος ήταν ένας από τους ελάχιστους διασωθέντες του Τρωικού Πολέμου.
Το γεγονός αυτό αποδεικνύει ότι υπάρχει χρονολογική συνέπεια, αφού ο Θησέας έζησε και έδρασε οπωσδήποτε πριν από τον Τρωικό Πόλεμο. Την εποχή της άλωσης της Τροίας, ο Θησέας πρέπει να ήταν σε προχωρημένη ηλικία ή να είχε ήδη δολοφονηθεί από το βασιλιά της Σκύρου, Λυκομήδη. Εδώ πρέπει να διευκρινιστεί ότι ο Πλούταρχος αναφέρεται στην κώμη των Θυμαιτάδων γιατί στην εποχή του 945-120 μ.Χ.) ο τόπος ήταν γνωστός με αυτό το όνομα. Δεν γνωρίζουμε ωστόσο ποια ήταν η ονομασία της περιοχής πριν την αποίκηση του Θυμαίτη και των απογόνων του.
Η ίδρυση της κώμης των Θυμαιτάδων συνδέεται πιθανότατα με την άλωση της Τροίας στα μέσα του 13ου αι. π.Χ. (1275-1240 π.Χ.). Τη χρονική εκείνη περίοδο έφτασαν και εγκαταστάθηκαν στην περιοχή οι πρώτοι κάτοικοι. Ο Θυμαίτης ή Θυμοίτης ήταν ένας από τους ελάχιστους που κατάφεραν να σωθούν από τη μεγάλη σφαγή των ενηλίκων ανδρών και τον εξανδραποδισμό των γυναικόπαιδων μετά την ολοκληρωτική καταστροφή της Τροίας από τους Αχαιούς. Ο μύθος αναφέρει ότι ο Θυμοίτης έσωσε τη ζωή του καθώς οι Αχαιοί του έδωσαν την ελευθερία του για να δείξουν την ευγνωμοσύνη τους ή για να φανούν συνεπείς σε κάποια συμφωνία ανταμοιβής που είχε πιθανώς προηγηθεί αφού ήταν αυτός που παρακίνησε τους συμπατριώτες του να γκρεμίσουν τα τείχη για να φέρουν μέσα στην πόλη το Δούρειο Ίππο. Ένα ακόμη στοιχείο που έρχεται να ενισχύσει αυτή την εκδοχή είναι το γεγονός ότι και ο γειτονικός δήμος της Ξυπετής, η οποία ανήκε επίσης στο Τατράκωμο Ηράκλειο του Πειραιά, είχε εποικιστεί από πρόσφυγες μετά την καταστροφή της Τροίας. Κατά μια άλλη εκδοχή, ο δήμος των Θυμαιτάδων πήρε το όνομά του από κάποιον βασιλιά ή ήρωα της Αττικής, ο οποίος ονομαζόταν Θυμαίτης.
Οι συνθήκες που επικρατούσαν στον ελλαδικό χώρο κατά την προκλασική περίοδο δεν ευνοούσαν την οικονομική ανάπτυξη. Οι πόλεις ήταν ανοχύρωτες και δεν παρείχαν μεγάλη ασφάλεια. Οι ανταλλαγές προϊόντων είχαν τοπικό χαρακτήρα εξαιτίας του περιορισμένου εμπορίου, αφού τα ταξίδια ήταν επικίνδυνα λόγω της πειρατείας και των ληστειών. Ειδικά οι κάτοικοι των εύφορων περιοχών αναγκάζονταν συχνά να εγκαταλείπουν τον τόπο εγκατάστασής τους, κυρίως όταν εισέβαλλαν ισχυροί γείτονες, Ως προς το σημείο αυτό, η Αττική υπερείχε κατά πολύ των υπολοίπων περιφερειών της Ελλάδας λόγω των φυσικών της μειονεκτημάτων, τα οποία αναφέρθηκαν παραπάνω. Καθώς κανείς δεν επιβουλευόταν το άγονο και φτωχό έδαφός της, η περιοχή ήταν απαλλαγμένη από επαναστάσεις, λεηλασίες και μετακινήσεις πληθυσμών. Αντίθετα, εκεί κατέφευγαν κάτοικοι άλλων περιοχών εξαιτίας της ασφάλειας που παρείχε.
Μετά τον 7ο αι. π.Χ. η γεωργία αποτελούσε τη βάση της οικονομίας. Αυτός ήταν και ο λόγος για τον οποίο το λιμάνι του Πειραιά δεν χρησιμοποιείτο, σε αντίθεση με τα δυτικά λιμάνια και δη το Κερατσίνι, το οποίο εξυπηρετούσε τους Αθηναίους στις συναλλαγές τους κυρίως με τους Μεγαρείς. Εκτός από την εμπορική του χρήση, ο όρμος του Κερατσινίου ήταν πολύ σημαντικός ιχθυοπαραγωγικός τόπος, στοιχείο που προσέλκυσε την ανθρώπινη εγκατάσταση. Στην περιοχή αφθονούσαν οι κάνθαροι, οι ζαίοι και οι ψήττες, καθώς και τα γνωστά κοχύλια της πορφύρας, που με την κατάλληλη επεξεργασία του μαλακόστρακου που ζει μέσα τους, έδιναν τη βαφή για το εντυπωσιακό κόκκινο χρώμα με το οποίο έβαφαν τις πορφύρες, τα γνωστά πολυτελή υφαντά της αρχαιότητας. Παράλληλα οι κάτοικοι ασχολούνταν με το κυνήγι, τη ναυπηγική τέχνη, την παρασκευή οίνου από θυμάρι και την κατασκευή της σισύρας.
Φαίνεται πως ο πλούσιος θαλάσσιος κόσμος της περιοχής στάθηκε η πρώτη αιτία για την οικιστική της ανάπτυξη. Πρώτοι θαλασσοπόροι που εγκαταστάθηκαν στην ευρύτερη περιοχή θεωρούνται οι Φοίνικες, Μετά από αυτούς έφτασαν από το Βορρά οι Μινύες, οι Πελασγοί, οι Κάδμειοι και οι Θράκες. Οι Μινύες, οι οποίοι είχαν ως κέντρο τον Ορχομενό της Βοιωτίας, ήταν από τους επιφανέστερους λαούς της ηρωικής εποχής και οι κύριοι εκπρόσωποι της ναυτικής και εμπορικής ακμής της προϊστορικής Ελλάδας. Ήταν μάλιστα αυτοί που εισήγαγαν την εκτεταμένη λατρεία του Ηρακλή.
Μετά την πτώση του τυραννικού καθεστώτος του Ιππία, στην Αθήνα επικράτησε ο Κλεισθένης (507 π.Χ.), ο οποίος έθεσε τις βάσεις της αθηναϊκής δημοκρατίας και εγκαινίασε ένα νέο σύστημα διοικητικής οργάνωσης. Κατήργησε τις αρχαίες τέσσερις φυλές της αττικής γης και χώρισε τους κατοίκους σε δέκα νέες φυλές, τις οποίες υποδιαίρεσε αρχικά σε 100 και στη συνέχεια σε 174 κοινότητες και δήμους.
Τότε χαρακτηρίστηκαν και οι Θυμαιτάδες δήμος και εντάχθηκαν διοικητικά, μαζί με τους δήμους του Φαλήρου, της Ξυπετής και του Πειραιά, στην Ιπποθοωντίδα φυλή. Οι τέσσερις αυτοί δήμοι τελούσαν κοινούς αγώνες και κοινές εορτές και συναποτελούσαν το Τετράκωμο Ηράκλειο. Στον τόπο τέλεσης των αγώνων υπήρχε κοινό ιερό προς τιμήν του ήρωα – θεού Ηρακλή.
Σχετικά με τη θέση του ιερού υπάρχουν σοβαρές διαφωνίες, με επικρατούσα άποψη αυτή του Α. Παπαγιαννόπουλου, ο οποίος το τοποθετεί στη συνοικία Καμίνια. Αντίθετη γνώμη διατυπώνει ο Π. Ρεδιάδης, ο οποίος τοποθετεί το ιερό στο λόφο όπου βρίσκεται σήμερα η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου στο Κερατσίνι. Τα αρχαιολογικά κατάλοιπα ωστόσο δεν συνηγορούν υπέρ αυτής της άποψης.
Ο Γεώργιος Μπακαλάκης, ο οποίος μελέτησε επίσης με προσοχή το ζήτημα αυτό, έπειτα από ανασκαφική έρευνα που πραγματοποιήθηκε το 1933, κατέληξε στο συμπέρασμα ότι τα υπάρχοντα ίχνη στο λόφο του Αγίου Γεωργίου ανήκουν σε προϊστορικό οικισμό και όχι σε ιερό του Ηρακλή. Ο λόφος αυτός, ενώ στα ανατολικά εξέχει ελάχιστα από την επικλινή πεδιάδα που τον περιβάλλει, στα δυτικά παρουσιάζει εντονότερη κατωφέρεια και απολήγει σε μικρό κώνο. Στην κορυφή του λόφου μέχρι τη δεκαετία του ’30 υπήρχαν ορατά ίχνη προϊστορικού οικισμού. Η ερυθροειδής επίχωση γινόταν αμέσως αντιληπτό ότι προερχόταν από ωμές πλίνθους και υλικά πρωτόγονης οίκησης. Τα ίχνη αυτά εντοπίστηκαν και έγιναν αντικείμενο λεπτομερούς μελέτης κατά τη διάνοιξη της νέας τροχιοδρομικής οδού Πειραιά – Περάματος. Ο Γεώργιος Μπακαλάκης έλαβε εντολή από το Υπουργείο Παιδείας για περαιτέρω έρευνα. Από τα ευρήματα γίνεται φανερό ότι η περιοχή κατοικήθηκε στην πρωτοελλαδική – κυκλαδική εποχή, περί το 2.600 – 2.000 π.Χ. Η τομή της οδού έφερε στην επιφάνεια μέρος της πρανούς βάσης του λόφου, όπου υπήρχε αρκετό πάχος επίχωσης, που σε ορισμένα σημεία έφτανε έως και τα δύο μέτρα. Εκεί αποκαλύφθηκαν αρκετά όστρακα αγγείων πρωτοελλαδικής – κυκλαδικής τέχνης, οψιανοί, λίθινες σφηνοειδείς αξίνες, όστρακα από βαθιές φιάλες με μακρόστενη προχοή, δακτυλιόσχημη βάση και κάθετη ή πλάγια λαβή, γνωστές με το όνομα “ Sauce - boat ” («ραμφόστομα»), χαρακτηριστικές της περιόδου.
Επιπλέον η ίδια η επίχωση ήταν πιθανώς τέφρα και περιείχε οστά κεκαυμένων ζώων, προσφορές στις θεότητες. Το γεγονός της ύπαρξης υπολειμμάτων τοίχων και συμπαγούς επίχωσης και στη βάση του λόφου, μαρτυρεί ότι ο οικισμός εκτεινόταν και στις πλευρές του λόφου, φτάνοντας μέχρι τη βάση του. Ο εντοπισμός αυτών των στοιχείων φανερώνει, εκτός από την ύπαρξη στην περιοχή πρωτοελλαδικού οικισμού σύγχρονου με τους κυκλαδικούς, και στενή εμπορική επαφή με τα νησιά των Κυκλάδων.
Γεγονός παραμένει ότι λίγα χρόνια πριν από την εφαρμογή του μεγάλου οικονομικού προγράμματος του Θεμιστοκλή, η ευρύτερη περιοχή του Πειραιά δεν ήταν ανεπτυγμένη, ενώ ανθρώπινη δραστηριότητα εντοπιζόταν μόνο στο Κερατσίνι, γύρω από την εκκλησία του Αγίου Γεωργίου και κοντά στο λόφο του Καραβά, γύρω από τον λόφο της Μουνιχίας και στην πειραϊκή χερσόνησο, στη θέση Σταυρός. Τα αρχαιολογικά ευρήματα και οι ιστορικές πηγές δεν μας επιτρέπουν να συνθέσουμε με βεβαιότητα την οικονομική, κοινωνική και πολιτιστική κατάσταση των συνοικισμών του Κερατσινίου και της Μουνιχίας κατά τους πρώτους αιώνες της δημιουργίας τους. Οι κάτοικοί τους ασχολούνταν κυρίως με τη ναυτιλία και τη βιοτεχνία. Ίσως μάλιστα ήταν οι πρώτοι που κλήθηκαν να συμμετάσχουν στην κατασκευή του κεντρικού λιμανιού του Πειραιά και πρόσφεραν τις γνώσεις και την πείρα τους για την εφαρμογή του μεγάλου ναυτικού προγράμματος του Θεμιστοκλή.
Το 483/2 π.Χ. οι Αθηναίοι ανακάλυψαν μεγάλη φλέβα μεταλλεύματος αργύρου στο μεταλλείο της Μαρωνείας του Λαυρίου, η οποία συνέβαλε στην ενίσχυση των δημόσιων οικονομικών της πόλης. Το δικαίωμα της εκμετάλλευσης των μεταλλείων παραχωρήθηκε σε ιδιώτες έναντι σημαντικού χρηματικού ποσού. Σύμφωνα με τους άγραφους νόμους που καθόριζαν τη δημοσιονομική πολιτική της εποχής, η πολιτεία όφειλε να διανείμει τα κέρδη στους Αθηναίους πολίτες. Όμως ο Θεμιστοκλής αντιτάχθηκε σε αυτή την πρόταση και αντιπρότεινε να δανείσει η πολιτεία από ένα τάλαντο σε εκατό πλούσιους Αθηναίους, προκειμένου να ναυπηγήσουν ο καθένας από μία τριήρη για λογαριασμό της πόλης.
Πολιτικός του στόχος ήταν η ενίσχυση της ναυτικής δύναμης των Αθηναίων και η δημιουργία νέου λιμανιού. Ήταν βέβαιος ότι η νίκη κατά των περσών στον Μαραθώνα αποτελούσε μόνο την αρχή ενός μεγάλου αγώνα και ότι οι Πέρσες θα επιχειρούσαν και νέες εκστρατείες. Έπρεπε λοιπόν ο αθηναϊκός στρατός να ήταν έτοιμος να τους αντιμετωπίσει. Από την άλλη πλευρά, φαινόταν καθαρά η εξάρτηση της πόλης από τη θάλασσα στον τομέα του επισιτισμού και της εμπορικής ανάπτυξης, καθώς αυτή αποτελούσε τη μοναδική οδό εφοδιασμού του πληθυσμού με σιτηρά. Οι μεγάλες σιτοπαραγωγές περιοχές –Χαλκιδική, Νότια Ρωσία, Αίγυπτος- είτε είχαν κατακτηθεί είτε ελέγχονταν από τους Πέρσες, ενώ οι πλησιέστερες στην Αττική αγορές –Μέγαρα, Βοιωτία, Θεσσαλία- δεν επαρκούσαν ή ήταν εχθρικές. Η καταλληλότερη αγορά σίτου ήταν η Σικελία, και η Μεγάλη Ελλάδα, γεγονός που καθιστούσε απαραίτητη τη δημιουργία εμπορικού στόλου.
Έτσι ναυπηγήθηκαν εκατό τριήρεις, που κατέστησαν την Αθήνα την πρώτη ναυτική δύναμη της Ελλάδας, σπουδαιότερη από την Αίγινα και την Κόρινθο. Παράλληλα συνεχίστηκε η οχύρωση του Πειραιά και η δημιουργία ασφαλέστερων λιμανιών, προσπάθεια που είχε ξεκινήσει από το 493 π.Χ. αλλά διακόπηκε εξαιτίας της εσωτερικής πολιτικής κατάστασης και της εκστρατείας στη Δύση.
Στα χρόνια που ακολούθησαν, το λιμάνι του Κερατσινίου και ο όρμος του Φαλήρου αντικαταστάθηκαν από τα λιμάνια της Ζέας, της Μουνιχίας και το κεντρικό λιμάνι του Πειραιά. Το 480 π.Χ. η Αθήνα είχε πλέον έτοιμα 147 πολεμικά πλοία και άλλα 53 εφεδρικά.
Ο δήμος των Θυμαιτάδων, αν και έχασε ένα μέρος από την εμπορική δραστηριότητα που διεξαγόταν στην περιοχή, συνέχισε να παρουσιάζει οικιστική ανάπτυξη. Παράλληλα, πολλοί αρχαιολόγοι, στηριζόμενοι σε ανασκαφικά ευρήματα, διατυπώνουν την άποψη ότι ένα τμήμα του δήμου λειτουργούσε πιθανώς ως νεκροταφείο της ευρύτερης περιοχής. Το 1913, ο Κωνσταντίνος Κουρουνιώτης, έπειτα από ανασκαφή οικόπεδου στη συνοικία των Μελετόπουλων, απέναντι από το σαπωνοποιείο του Σκλαβούνου, υποστήριξε ότι μεγάλο μέρος της περιοχής κρύβει αρχαίο νεκροταφείο. Κατά την εκσκαφή για τη δημιουργία υπόγειου, αποκαλύφθηκαν σε χώρο περίπου οκτώ τετραγωνικών μέτρων επιτύμβιες στήλες από πεντελικό μάρμαρο, που χρονολογούνται στον 4ο αι. π.Χ. Επειδή στο συγκεκριμένο σημείο δεν υπήρχαν ίχνη τάφου, αλλά και επειδή η ύπαρξη τόσων επιτύμβιων σημάτων σε τόσο περιορισμένο χώρο δύσκολα εξηγείται, ο Κ. Κουρουνιώτης κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η ευρύτερη περιοχή ήταν χώρος ταφής, ενώ τα επιτύμβια σήματα είχαν μεταφερθεί στο σημείο εκείνο από ιδιώτες που είχαν ενεργήσει εκσκαφές για την ανέγερση οικιών.
Όταν το 486/5 π.Χ. ο Ξέρξης διαδέχθηκε στο θρόνο του το Δαρείο, αποφάσισε την κατάκτηση της Ελλάδας με μια εκστρατεία που θα αποτελούσε συνέχεια των επιχειρήσεων του 492 π.Χ. Οι περσικές δυνάμεις κινητοποιήθηκαν το 481 π.Χ. με ένα σχετικά απλό σχέδιο: με συντονισμένη προσπάθεια στρατού και στόλου θα υποτασσόταν όλη η Ελλάδα στην περσική δύναμη. Και ενώ ο Περσικός στρατός καταλάμβανε την κεντρική Ελλάδα, ο ελληνικός στόλος μετά το Αρτεμίσιο έπλευσε προς τις ακτές της Αττικής. Παράλληλα οι Αθηναίοι πληροφορήθηκαν ότι το σύνολο του στρατού των Πελοποννήσιων βρισκόταν στον ισθμό και τον οχύρωνε με τείχη. Η απογοήτευσή τους ήταν μεγάλη και βρέθηκαν μπροστά στο δίλημμα ή να μηδίσουν ή να εγκαταλείψουν την πόλη τους, αφού ήταν εντελώς απροστάτευτοι από ξηράς. Ο Θεμιστοκλής, συμβάλλοντας αποφασιστικά στις εξελίξεις για ακόμη μια φορά, έπεισε τους Αθηναίους να εκκενώσουν την πόλη και να μεταφέρουν τα γυναικόπαιδα, τους ηλικιωμένους και τους ασθενείς στη Σαλαμίνα. Παράλληλα εξήγησε θετικά το δελφικό χρησμό για τα «ξύλινα τείχη» και έπεισε τους συμπατριώτες του ότι η σωτηρία θα ερχόταν από τη θάλασσα.
Εννέα ημέρες μετά τη ναυμαχία στο Αρτεμίσιο, οι Πέρσες εισέβαλαν στην έρημη Αθήνα. Μόνο στην Ακρόπολη είχαν απομείνει οι ταμίες της Αθήνας, μερικοί Αθηναίοι που πίστευαν ότι τα «ξύλινα τείχη» θα έσωζαν την πόλη και λίγοι φτωχοί που δεν διέθεταν τα μέσα να φύγουν για τη Σαλαμίνα. Παρά τη σθεναρή αντίσταση των υπερασπιστών της Ακρόπολης, οι Πέρσες την κατέλαβαν και επιδόθηκαν σε λεηλασίες και καταστροφές.
Συνέπεια αυτών των γεγονότων ήταν οι Έλληνες να συγκεντρώσουν όλη τη δύναμή τους στην τελευταία αμυντική γραμμή, τον Ισθμό. Η θαλάσσια αμυντική γραμμή που προστάτευε τον Ισθμό ήταν ωστόσο πολύ εκτεταμένη: Ηράκλειον (Πέραμα – Κερατσίνι), Σαλαμίνα, Αίγινα, Πώγων (Πόρος, το λιμάνι της Τροιζήνας). Έπειτα από συνεχείς συσκέψεις ανάμεσα στους αρχηγούς των στόλων των πόλεων, ο Θεμιστοκλής κατόρθωσε να πείσει την πλειονότητα των ναυάρχων ότι η καταλληλότερη αμυντική θέση ήταν αυτή της Σαλαμίνας. Τα πλεονεκτήματα που προέβαλε ήταν η κλειστή θάλασσα, που ευνοούσε τα κατά πολύ λιγότερα ελληνικά πλοία, και η ταυτόχρονη παρεμπόδιση των Περσών να πλησιάσουν την Πελοπόννησο και να εισβάλλουν σε αυτή. Στην πρόταση του Θεμιστοκλή αντιδρούσαν οι Σπαρτιάτες και κυρίως ο αρχηγός του στόλου Ευρυβιάδης.
Σε μια επόμενη συνεδρίαση ο Θεμιστοκλής προέβαλε εκ νέου τα επιχειρήματα του για τα πλεονεκτήματα της Σαλαμίνας, όμως ο ναύαρχος των Κορινθίων, Αδείμαντος, ζήτησε από τον Ευρυβιάδη να μην τεθεί σε ψηφοφορία η πρόταση ενός άνδρα που δεν είχε πατρίδα (η Αθήνα είχε ήδη καταληφθεί από τους Πέρσες). Ο Θεμιστοκλής όμως απάντησε ότι έχει πατρίδα και γη όποιος διαθέτει διακόσιες εξοπλισμένες τριήρεις. Απείλησε μάλιστα με αποχώρηση και μετανάστευση των Αθηναίων, αν η ναυμαχία δεν γινόταν στη Σαλαμίνα. Στο πλευρό του συντάχθηκαν οι Αιγινήτες και οι Μεγαρείς. Κάτω από την πίεση αυτή, ο Ευρυβιάδης αναγκάστηκε να δεχθεί το σχέδιο του Θεμιστοκλή. Την παραμονή της ναυμαχίας ο Θεμιστοκλής, βλέποντας τους Πελοποννησίους να αμφισβητούν εκ νέου την ορθότητα του σχεδίου του, έστειλε στο στρατόπεδο των Περσών το δούλο του Σίκινο, ο οποίος μετέφερε το μήνυμα ότι οι Έλληνες ήταν διχασμένοι και σκέφτονταν να αποχωρήσουν. Ήταν η ύστατη προσπάθεια του Αθηναίου στρατηγού να εκβιάσει την κατάσταση και να φέρει τους υπόλοιπους Έλληνες προ τετελεσμένων γεγονότων. Πράγματι, οι Πέρσες πιστεύοντας ότι ο Σίκινος λέει την αλήθεια, κινήθηκαν προς το στενό της Σαλαμίνας για να αιφνιδιάσουν τον ελληνικό στόλο. Με ελιγμούς περικύκλωσαν τους Έλληνες, κλείνοντας όλες τις εξόδους προς τη Σαλαμίνα. Ο Ξέρξης τοποθέτησε το θρόνο του στη δυτική πλαγιά του όρους Αιγάλεω, στο τελευταίο προς τη θάλασσα ύψωμα, στο λόφο όπου σήμερα βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου στο Κερατσίνι, για να μπορεί να παρακολουθήσει τη ναυμαχία.
Μετά τη συντριπτική ήττα των Περσών, οι Αθηναίοι, οι Θυμαιτάδες και οι υπόλοιποι κάτοικοι της Αττικής επέστρεψαν στις εστίες τους. Στα χρόνια που ακολούθησαν ο Πειραιάς και οι όμοροι δήμοι γνώρισαν μια περίοδο μεγάλης οικονομικής και οικιστικής ακμής. Μετά τον Πελοποννησιακό πόλεμο, όμως, η περιοχή αρχίζει να παρακμάζει. Κύρια αιτία στάθηκε η κατεδάφιση των τειχών και η καταστροφή των ναυστάθμων. Τον 4ο π.Χ. αιώνα η επικράτηση του Φιλίππου, του Αλεξάνδρου και των διαδόχων τους, μετατόπισε τα κέντρα εμπορίου προς την ανατολική Μεσόγειο, γεγονός που οδήγησε την περιοχή σε ακόμη μεγαλύτερη παρακμή. Παρ’ όλα αυτά ο Πειραιάς διατηρούσε την πολιτιστική του ζωή έως τον 2ο αι. π.Χ., αφού κατέφθαναν σε αυτόν πολλοί Ρωμαίοι, λάτρεις του πνεύματος και της φιλοσοφίας για να επισκεφθούν την Αθήνα και να θαυμάσουν τον πολιτισμό της, αλλά και να διδαχθούν στις Σχολές της. Μερίδιο του θαυμασμού αποσπούσε και ο Πειραιάς, το μεγαλύτερο λιμάνι της πάλαι ποτέ υπερδύναμης.
Η άλωση της Αθήνας από το Σύλλα το 86 π.Χ. είχε αποτέλεσμα την ολοκληρωτική καταστροφή του Πειραιά και των γύρω δήμων, καταστροφή από την οποία δεν μπόρεσε για πολλούς αιώνες να ανακάμψει, αφού κατά τη ρωμαϊκή περίοδο ήταν δευτερεύον πολεμικό ορμητήριο και κατά τους βυζαντινούς χρόνους ασήμαντος λιμενίσκος. Την τύχη του ακολούθησε, όπως ήταν φυσικό, και ο δήμος των Θυμαιτάδων.
